Μια έρευνα του Συνηγόρου του Πολίτη στις δομές της Κιβωτού του Κόσμου έδειξε σοβαρές παραβιάσεις των δικαιωμάτων των παιδιών που βρίσκονται εκεί μέσα. Ανάμεσα στα προβλήματα φαίνεται να είναι οι αυθαίρετες πρακτικές που επηρέαζαν τον τρόπο με τον οποίο αντιμετώπιζαν τις συμπεριφορές και τις δυσκολίες των παιδιών, την εκπαίδευσή τους και την προετοιμασία τους για την ενσωμάτωσή τους στην αγορά εργασίας, καθώς και τον σεβασμό της προσωπικότητας και της ιδιωτικής τους ζωής. Επιπλέον, τα παιδιά φαίνεται πως δεν είχαν την κατάλληλη κοινωνική ζωή και συμμετοχή.
